21世紀初頭、ゴジラに蹂躙された人類は安住の地を求め宇宙へと旅立った。しかし移民計画は失敗、帰還した2万年後の地球には、未だ君臨するゴジラの姿があった…。ゴジラに対し並々ならぬ憎悪を抱くハルオ・サカキ大尉の作戦のもと、決死の戦いが始まるが――!?