前回の惨劇から1年。会談のため主要12か国の首脳が日本に集結した。『東京ネオタワー』で開催された歓迎式典の最中、正体不明のテロリストが会場を占拠。警備に当たっていた『ＴＨＩＲＤ－ｉ（サードアイ）』の面々と自衛隊精鋭部隊をやすやすと手玉に取った犯人は、犯行声明を発表。その声はなんと行方不明になっていた藤丸（ふじまる）のものだった……！！