199ｘ年、二人の天才生物改造学者はＤＮＡ秘密操作研究所を設立したのだが、やがて二人の研究の目的は善と悪に分かれることになる。そして平和のために研究に没頭した花園博士は、対立する邪悪な欲望に憑かれたもう一人の博士・相場に暗殺されてしまったのだ。しかし、人類愛に満ちていた花園博士は、地球の幸福な未来を託し、新しい３つの生命体を残していた。その名は超ＤＮＡ戦士・フロッグマン！博士の一人娘である花園リカを相場が生み出した悪の怪物から守り抜き、復讐に挑む！