仙人、魔女、錬金術師、妖怪、魔物、忍者、陰陽師……かつて隆盛を誇ったが現在絶滅寸前の彼らを《遺存種》という。《天狗》の末裔である山峰大央が助けた少女・円は、遺存種たる《魔女》の最後の一人。実は円の目的は、大央の住む街に眠る神話的遺跡・《世界樹》の調査であった。意気投合し行動を共にする二人はやがて見えない敵の妨害を受け始め、未知なる戦いに巻き込まれてしまうが……博物論的オリエンタルファンタジー登場！